Убрать символы переноса строки Windows можно командой
в Shell:
perl -i -npe 's/\r//' myscript.pl
Где myscript.pl имя
вашего CGI-скрипта.
Эти символы появляются при редактировании файлов в Windows. Избежать
их появления можно используя редакторы, которые умеют устанавливать
символы переноса UNIX.